Il legame tra la città augusta e il pittore rinascimentale dura tutt’oggi, forte del grande numero di opere disseminate nei vari edifici religiosi cittadini e da quelle conservate presso la Galleria Nazionale dell’Umbria. Anche il cardo della città (una delle vie principali nell’impostazione urbanistica delle città etrusco-romane) è dedicato a lui: Corso Vannucci è infatti un omaggio a Pietro Vannucci, nome di battesimo dell’artista.

Tra le opere del Perugino esposte alla Galleria Nazionale dell’Umbria figurano:

• La tavola a olio Adorazione dei Magi (1475, secondo la testimonianza del Vasari), una delle prime in Umbria, commissionata dalla potente famiglia perugina dei Baglioni;
• L’opera giovanile Gonfalone con la Pietà (1472 circa), dipinto a tempera su tela proveniente dall’Abbazia francescana di Farneto, vicino Perugia;
• Le opere San Bernardino risana una fanciulla e Miracolo del bambino nato morto (1473), che fanno parte dei Miracoli di San Bernardino, una serie di tavolette di legno (note come le Tavolette di San Bernardino) dipinte a tempera;
• Il dipinto a olio su tavola Madonna della Consolazione (1496-1498), realizzato per la Confraternita dei Disciplinati, molto somigliante alla Madonna con Bambino raffigurata nella Pala Tezi;
• Il Battesimo di Cristo e alcune delle scene della predella (cioè la tavoletta rettangolare posta alla base di un polittico o una pala d’altare) che componevano il Polittico di Sant'Agostino, olio su tavola realizzato per la chiesa dell’omonimo Santo a Perugia;
• La Pala Tezi (1500 circa), commissionata dal notaio del Collegio del Cambio e dei Priori Bernardino d’Angelo Tezi per la cappella di famiglia;
• Il dipinto devozionale Gonfalone della Giustizia (1496 circa), su commissione della Confraternita di San Bernardino;
• La Pala di Monteripido (1502-1504), opera a due facce che fonde pittura e scultura, commissionata dai frati francescani del Convento di San Francesco al Monte (detto anche Convento di Monteripido) per la loro chiesa;
• L’affresco Adorazione dei Pastori (1502 circa), prelevato da una delle cappelle esterne della Chiesa di San Francesco al Monte, oggetto di un recente restauro e nuovamente esposta in Galleria nel 2022;
• L’olio su tavola Pala della Trasfigurazione (1517).

Altre opere del Perugino visibili a Perugia sono:

• La tempera su tavola Madonna col Bambino (1490 circa), a Palazzo Baldeschi, stilisticamente vicina alla Pala dei Decemviri;
• L’affresco Madonna delle Grazie con i Santi Antonio Abate e Antonio da Padova (1512 circa), nel Monastero di Sant’Agnese;
• Il dipinto murale Madonna delle Grazie, nella Cattedrale di San Lorenzo, inizialmente attribuito a Giannicola di Paolo (allievo del Perugino), di cui conosciamo la data del restauro (1565);
• Il , una serie di affreschi nella Sala delle Udienze al Collegio del Cambio (1490-1500), dipinto dal Perugino all’apice della sua carriera e che raffigura eroi e personaggi del mondo antico insieme a profeti e sibille;
• l’affresco Trinità e Santi per la di Cappella di San Severo, che vede un primo intervento di Raffaello (1505-1508 circa) e successivamente uno del Perugino (1521);
• Il dipinto a olio su tavola Pietà (probabilmente 1512-1515), parte del Polittico di Sant’Agostino, oggi nella Basilica di San Pietro e una serie di santi parte del complesso dell’Ascensione (1496), nell’Abbazia.

Infine, due lavori realizzati a Perugia dall’artista non più disponibili:

• La Pala dei Decemviri (1483-1495) per la Cappella di Palazzo dei Priori, la cui realizzazione è affidata al Perugino dopo la scomparsa dell’artista Pietro di Galeotto, tornata temporaneamente in esposizione in città grazie a un prestito nel 2019, altrimenti conservata nella Pinacoteca Vaticana di Roma;
• Il dipinto a olio su tavola Sposalizio della Vergine (1501-1504), realizzato per la cappella del Sant’Anello all’interno della Cattedrale di San Lorenzo (oggi al Museo delle Belle Arti di Caen, in Francia);
• La decorazione della Sala Grande di Palazzo dei Priori (1475), commissionata dal Comune di Perugia (andata perduta).