Entrando nel piccolo luogo di culto, lo spettatore è quasi sopraffatto da un lavoro tanto suggestivo, caratterizzato da una scena ampia, profonda e luminosa; il contrasto con la penombra del luogo modesto che la ospita è evidente.

Il Perugino ambienta l’episodio della vita del Santo in uno spazio architettonico di sua invenzione, che non corrisponde a nessuna costruzione presente a Panicale: una piazza circondata da arcate, oltre le quali si può vedere un lago e delle colline. Anche se sono assenti riferimenti geografici reali, i colori, la luce e l’atmosfera richiamano il vicino scenario lacustre del Trasimeno.

Possiamo considerare quindi l’ambientazione dell’opera (soprattutto gli elementi naturali che la compongono) la versione idealizzata di un paesaggio umbro, tratto ricorrente in molti suoi lavori. Una veduta che trova risonanza nella natura che circonda il borgo di Panicale: le isole, le dolci colline e il loro riflesso nelle acque del Lago Trasimeno. Un elemento di raccordo e definizione tra tutti gli accorgimenti visivi messi in atto dal Perugino nella composizione dell’affresco.

Nello stesso edificio religioso si può ammirare anche un’altra opera importante, per molto tempo erroneamente attribuita al Perugino: la Madonna tra Sant’Agostino e Maria Maddalena (1502-1506), che una più recente analisi ipotizza sia stata realizzata da un suo celebre allievo, Raffaello Sanzio. Dipinto per un altare della Chiesa di Sant’Agostino (sempre a Panicale, all’esterno di Porta Fiorentina), l’affresco è stato successivamente spostato nella Chiesa di San Sebastiano per garantire una migliore conservazione: la forte umidità della collocazione originale avrebbe infatti finito col danneggiare l’opera.